En el año Regild Century 1014, ha pasado todo un milenio desde el final del legendario Universal Century, donde leyendas como Amuro Ray y Char Aznable dominaban el campo de batalla como as de los trajes móviles. La superficie de la Tierra, que en su día fue muy disputada, está ahora mayoritariamente abandonada, y la humanidad prefiere vivir en colonias espaciales y en la superficie de la Luna.

El estudiante de la Academia de la Guardia Capital, Bellri Zenam, lleva una vida académica tranquila, pero sus días normales llegan a su fin con la captura de la piloto pirata Aida Surugan y su traje móvil G-Self. Bellri siente una fuerte conexión mental con el G-Self y descubre que es capaz de pilotarlo. Pronto se encuentra en disputa con la "Guardia Capital", una facción radical que sigue su propia agenda secreta a pesar de los deseos del Ejército Americano, que aún mantiene el poder en la Tierra. Uniéndose a la tripulación de la nave espacial americana Megafauna, Bellri y Aida deberán pilotar el G-Self hasta la victoria contra la Guardia Capital y sus líderes, el carismático Coronel Kunpa Rushita y el enigmático Capitán Máscara.