Estamos a principios del siglo XXI. La humanidad ha perdido la batalla por el planeta Tierra ante Godzilla, y ha salido a las estrellas en busca de un nuevo hogar. Pero la búsqueda termina en vano, obligándoles a ellos y a sus aliados alienígenas a volver a la Tierra. Pero han pasado 20.000 años en su ausencia, y la Tierra es un lugar totalmente diferente.

La flora y la fauna del planeta ahora encarnan y sirven a Godzilla. La Tierra es un planeta de monstruos, gobernado por el Godzilla más grande de la historia, con 300 metros de altura. Godzilla Tierra.

El protagonista humano, el capitán Haruo, anhela derrotar a Godzilla y recuperar el planeta para la humanidad. Allí conoce a los descendientes aborígenes de la raza humana, la tribu Houtua. Las hermanas gemelas Houtua, Maina y Miana, le conducen hasta los restos esqueléticos de Mecha-Godzilla, una antigua arma anti-Godzilla, que para sorpresa de todos sigue viva en forma de nanometal autogenerador. Extraídos del cadáver de Mecha-Godzilla, los nanometales han ido reconstruyendo poco a poco una "Ciudad Mecha-Godzilla", un arma potencial capaz de destruir la Tierra de Godzilla.