Tras unirse a la resistencia contra el bakufu, Gintoki y la banda se esconden, junto con Katsura y sus rebeldes Joui. El Yorozuya no tarda en ser abordado por Nobume Imai y dos miembros del Kiheitai, que le explican que los piratas de Harusame se han vuelto contra el capitán de la séptima división Kamui y su antiguo aliado Takasugi. Los Kiheitai le proponen a Gintoki un trabajo: encontrar a Takasugi, que lleva desaparecido desde que su barco sufrió una emboscada en una incursión de los Harusame. Nobume también hace una sorprendente revelación sobre el Tendoushuu, una organización secreta que maneja los hilos de numerosas facciones, y su líder Utsuro, la oscura figura con un extraño parecido al antiguo profesor de Gintoki.

Enganchando un viaje en la nave espacial de Sakamoto, los Yorozuya y Katsura se dirigen a Rakuyou, el planeta natal de Kagura, donde se han reunido las distintas facciones y se están produciendo tensiones. Los rencores que se mantienen desde hace tiempo