Tras la retirada temporal del Ejército de Liberación de Altana del distrito de Kabuki, el estado de la guerra ha mejorado aparentemente. Sin embargo, mientras los Oniwaban, los Shinsengumi y los residentes del distrito combaten a los restos del ejército, el mayor inventor de Edo, Gengai Hiraga, es secuestrado. Responsable de provocar la retirada del enemigo al inutilizar sus armas, el virus de la nanomáquina de Gengai corre ahora el riesgo de ser desactivado.

Mientras tanto, en la nave nodriza del Ejército de Liberación se activa un láser capaz de destruir un planeta en la órbita de la Tierra. Se produce otra batalla cuando Shinsuke Takasugi y el resto de los Kiheitai llegan a la nave para impedir que el arma se dispare. Obligados a luchar en una guerra en dos frentes, los Yorozuya y sus aliados deben prevalecer en ambos lados para salvar a Edo y al resto del mundo.