Después de la feroz batalla en Rakuyou, el pasado no contado y el verdadero objetivo del líder inmortal de Naraku, Utsuro, son finalmente revelados. Al corromper las reservas de Altana de varios planetas, Utsuro ha conseguido provocar la intervención del mayor enemigo de los Tendoshuu: el Ejército de Liberación de Altana. Con la Tierra como principal campo de batalla en esta guerra interplanetaria, el plan maestro de Utsuro para destruir el planeta -y a sí mismo- está casi completo.

Un ataque a la Terminal Central de O-Edo marca el comienzo de la batalla final para recuperar la tierra de los samuráis. Sin el Yorozuya a la vista, con el bakufu prácticamente derrumbado y el Shogun desaparecido, el pueblo queda completamente desamparado mientras el Ejército de Liberación comienza a saquear Edo en nombre de la liberación del dominio de los Tendoshuu.

Atrapados en el fuego cruzado entre dos fuerzas igualmente imponentes, ¿podrán Gintoki, Kagura, Shinpachi y los antiguos alumnos de Shouyou Yoshida dejar de lado sus diferencias y unir a sus aliados para proteger lo que más aprecian?