En la Academia Privada Shinryou -una escuela costosa para estudiantes adinerados- uno nunca esperaría encontrar al pobre Suigin Riku. Cuando no está trabajando en uno de sus muchos empleos a tiempo parcial para pagar la matrícula, a menudo se le puede encontrar jugando al juego de rol Dungeon Century, donde ha cultivado una relación con un amigo online. Sin embargo, cuando Dungeon Century se cierra, descubre que su enamorada, la bondadosa Rei Riku, y su amigo online son la misma persona.

Pero tras esta revelación, Rei es secuestrada y llevada a Grave Buster, un nuevo juego online de los creadores de Dungeon Century, lo que obliga a Suigin a entrar en el duro mundo de un juego de pago para salvarla. Gin no Guardian 2nd Season continúa la búsqueda de Suigin para rescatar a Rei, mientras intenta resolver los misterios de este extraño juego.