En algún momento de principios del siglo XXI, un portal hacia un mundo paralelo conocido como "the Gate" (la Puerta) aparece en Ginza, Tokio. Monstruos y tropas empiezan a salir del portal, convirtiendo el distrito comercial en un infierno. Las Fuerzas de Autodefensa de Japón responden inmediatamente y envían a las criaturas de vuelta por el portal. Para facilitar las negociaciones y prepararse para futuras batallas, las Fuerzas de Autodefensa mandan al 3er escuadrón de reconocimiento a la "Región especial", al otro lado del portal. Youji Itami, un oficial de las Fuerzas, así como un otaku de 33 años, es nombrado líder del escuadrón. Aparte de enfrentarse con tropas enemigas, el escuadrón visita un gran variedad de lugares para investigar sobre la cultura y la geografía local. Gracias a sus labores humanitarias, poco a poco van ganándose la confianza de la gente del lugar. Incluso les acompañan una elfa, una hechicera y una loli gótica.