Un día, un enorme OVNI sobrevuela Japón y se estrella en una granja rural a las afueras de Nagaoka, alterando la vida ordinaria de Tsubasa Misudachi. Mientras los Gatchaman, los legendarios defensores de la ciudad de Tachikawa, supervisan la prueba, una pacífica criatura alienígena emerge de la nave espacial. En el caos que se produce, Tsubasa recibe un cuaderno especial de alta tecnología, o NOTA, del fundador de los Gatchaman, J.J. Robinson, lo que supone el reclutamiento repentino de Tsubasa en su grupo. Bajo la tutela de su compañero Hajime Ichinose, Tsubasa comienza a adaptarse lentamente a la vida como defensora de la justicia.

Mientras tanto, la tecnología CROWDS, que permite a los usuarios manifestar su conciencia' en una forma física, se está extendiendo entre el público, además de ser respaldada por el Primer Ministro Sugayama. Sin embargo, una misteriosa organización conocida como VAPE ha cobrado notoriedad al utilizar unos CROWDS rojos únicos para causar estragos, lo que ha hecho que la opinión pública se mueva en contra de la tecnología CROWDS. Los Gatchaman, junto con el nuevo recluta Tsubasa, deben poner fin a sus actividades destructivas antes de que sea demasiado tarde.