Fate/Apocrypha sigue el robo del Santo Grial de Fuyuki City cuando se libraba la guerra entre los siete magos y espíritus heroicos. La familia que toma en posesión este objeto místico, los Yggdmillennia, desertó de la Asociación de Magos tras reconocerlo como símbolo de su casa y tras batallas perdidas por las fuerzas de la Asociación. Ahora, la guerra crece sin precedentes y da lugar a una nueva y despiadada Gran Guerra del Santo Grial.