Senkuu se ha propuesto recuperar dos millones de años de logros humanos y revivir a la totalidad de los convertidos en estatuas. Sin embargo, un hombre se interpone en su camino: Tsukasa Shishiou, que cree que sólo los más aptos de los petrificados deben ser revividos.

A medida que se derrite la nieve y se acerca la primavera, Senkuu y sus aliados de la aldea Ishigami ultiman los preparativos para su ataque al Imperio Tsukasa. Con un modelo de móvil reinventado a su disposición, el Reino de la Ciencia está listo para lanzar su nuevo plan para reclutar a un número considerable del ejército de Tsukasa a su lado. Sin embargo, es una carrera contrarreloj; por cada día que el Reino de la Ciencia pasa perfeccionando sus inventos, el imperio crece rápidamente en número.

Reuniéndose con viejos amigos y ganando nuevos aliados, Senkuu y el Reino de la Ciencia deben detener a las fuerzas de Tsukasa para cumplir su objetivo de restaurar la humanidad y todas sus creaciones. Con los dos bandos persiguiendo cada uno su mundo ideal, ¡las Guerras de la Piedra han comenzado!