Taichi Yagami y sus amigos han pasado al instituto, pero para entonces han perdido el contacto con sus compañeros Digimon. Por ello, Taichi se sorprende al recibir de repente una llamada de auxilio que le convoca al Mundo Digital. Una vez allí, se entera de que los Digimon viven atemorizados por el misterioso Emperador Digimon, que de alguna manera está suprimiendo su capacidad de Digivolucionar.

En el mundo real, Hikari Yagami y Takeru Takaishi se reúnen en la misma clase de quinto grado. Comparten tres compañeros de clase: Daisuke Motomiya, que les recuerda a ambos a Taichi; Miyako Inoue, una maga técnica; e Iori Hida, la vecina de Miyako. Cuando estos tres niños reciben Digivices "D-3", ellos -junto con Hikari y Takeru, que aún poseen sus propios Digivices originales- forman la nueva generación de "Niños Elegidos" que deben salvar el mundo una vez más. Con el poder de los Digi-Eggs blindados, deben frustrar los planes del Emperador Digimon de extender su influencia por todo el Mundo Digital.