Los espíritus son seres de otro mundo con un poder inmenso, capaces de provocar alteraciones en el espacio cada vez que hacen acto de presencia. Para enfrentarlos, existen dos opciones: recurrir a la fuerza bruta y destruirlos… o enamorarlos y así sellar sus poderes.
Después de haber sellado a tres espíritus, Shidou Itsuka continúa su misión con Ratatoskr para ubicar a otros espíritus y "citarse" con ellos, con el propósito de asegurar la paz del mundo y evitar una mayor devastación. Sin embargo, esta vez no solo se enfrentará a los Espíritus, ya que una amenaza mucho más formidable parece haber puesto su atención en sus actividades.