Todo sigue igual en la enorme ciudad de Orario, donde legiones de aventureros se reúnen para explorar la "Mazmorra", infestada de monstruos. Entre ellos se encuentra el fácilmente nervioso pero valiente Bell Cranel, el único miembro de la Familia Hestia. Con la ayuda de su seguidora semihumana Liliruca Arde y del competente herrero Welf Crozzo, Bell se ha ganado el título de Pequeño Novato al convertirse en el aventurero de Orario que más rápido ha crecido gracias a sus esfuerzos en los niveles más profundos de la Mazmorra.

Dungeon ni Deai wo Motomeru no wa Machigatteiru Darou ka II continúa las aventuras de Bell, que intenta dar gloria a su diosa y proteger a sus seres queridos. Sin embargo, varias familias y dioses de la ciudad empiezan a fijarse en sus logros e intentan añadirlo a sus filas.