Honey Kisaragi es una colegiala católica normal y corriente, hasta el día en que su padre es asesinado por la organización "Garra de Pantera". Tras su muerte, se entera de que en realidad es un androide creado por él y que en su interior hay un dispositivo que puede "crear materia del aire". Con su grito de "Honey Flash" puede utilizar el dispositivo para transformarse en la superheroína pelirroja con espada, Cutie Honey. Mientras asiste a la Escuela de la Santa Capilla para Niñas, Honey busca venganza contra la Garra de la Pantera, gobernada por la Pantera Zora y su hermana menor, la hermana Jill. Zora quiere "los objetos más raros del mundo" y busca el dispositivo de Honey, mientras que Jill, líder de la división del grupo en Japón, "sólo quiere las mejores riquezas" y está enamorada de Honey. Honey cuenta con la ayuda de Danbei Hayami y sus dos hijos, el periodista Seiji y el joven Junpei.