La historia sigue a Kuroi Mato, una joven universitaria que busca conectar con Yomi Takanashi, una de sus compañeras de clase que, por desgracia, parece bastante cerrada a los demás. Un día, la joven tiene la oportunidad de visitar a su amiga y aprovecha para compartir con ella su libro ilustrado favorito. Es también en casa de Yomi donde Kuroi conoce a Kagari Izuriha, una joven en silla de ruedas que no es otra que la mejor amiga de Yomi. Lo que Kuroi no sabe es que existe un mundo paralelo al suyo, en el que vive el alter ego de cada ser humano, y en el que se libra una guerra incesante desde hace mucho tiempo. En este mundo, su propio alter ego se llama Black Rock Shooter, una joven con un ojo en el que arde una misteriosa llama azul... ¿Existe un vínculo entre los habitantes de estos dos mundos?