Cada episodio se centra en las aventuras y percances de Nuku Nuku en el instituto, y su relación con los estudiantes, la trama general de la serie se centra en el plan de las malvadas Industrias Mishima para dominar el mundo a través de sus productos. En la oposición a este plan están el ligeramente chiflado Kyuusaku Natsume y Nuku Nuku, el androide que actúa como compañero de su joven hijo. Los compañeros de Nuku Nuku son todos excéntricos, Futaba, la presidenta de la clase, es una dominante fanática del control, que no puede dejar su autoridad en la escuela. Chieko Shirakaba es la rica snob con dos chicas que siempre están de su lado. Hay un ratón de biblioteca, un místico, un científico y un cantante de pop. Todos ellos son fieles a sus descripciones: el místico siempre está prediciendo la fatalidad a través de las cartas del tarot, los espíritus o alguna otra técnica oculta. La cantante de pop nunca dice nada, salvo en forma de canción. El ratón de biblioteca siempre tiene la nariz metida en un libro. Estas excentricidades contribuyen al humor de la serie.