En un futuro próximo, una repentina e inexplicable subida del nivel del mar ha sumergido gran parte de la civilización humana. Ikaruga Natsuki, un joven que perdió a su madre y una pierna en un accidente años atrás, regresa desencantado de una vida difícil en la gran ciudad para encontrar su antigua casa de campo medio sumergida. Sin familia, solo le quedan el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanógrafa, junto con numerosas deudas. Su única esperanza de recuperar sus sueños perdidos es aprovechar una oportunidad que le ofrece la misteriosa cobradora de deudas, Catherine. Zarpan en busca de las ruinas sumergidas del laboratorio de su abuela con la esperanza de encontrar un tesoro que, según los rumores, ella dejó allí. Pero en lugar de riquezas, descubren a una extraña niña que yace dormida en un ataúd en el fondo del mar. Su nombre es Atri. Atri es un robot, pero su apariencia y sus emociones son tan realistas que cualquiera pensaría que es una persona viva.