En el año 2039, los drásticos efectos del calentamiento global han provocado la subida del nivel del mar, lo que ha provocado una gran pérdida de terreno. Para que la humanidad aprenda la lección, surge una flota de poderosos buques de guerra equipados con armamento avanzado, que causan una abrumadora derrota a las fuerzas navales de todo el mundo. Llamada a sí misma la Flota de la Niebla, cada nave tiene un "Modelo Mental", un avatar humanoide que representa el corazón de la nave, su "Núcleo de Unión". Cada modelo tiene una personalidad diferente, pero todos siguen una autoridad desconocida conocida como el Código del Almirantazgo, que ha implantado un bloqueo para impedir que los humanos viajen por el mar.

Diecisiete años después del bloqueo, Gunzou Chihaya, un antiguo alumno de la Academia Nacional de la Marina, se encuentra con el I-401 y su modelo mental, Iona, que se pone del lado de la humanidad por razones desconocidas. Aprovechando esta nueva esperanza de conseguir la paz para la humanidad, Gunzou y sus amigos forman un grupo de corsarios, conocidos como el Acero Azul, y emprenden un peligroso viaje