New Century Zero tiene lugar mucho tiempo después de los acontecimientos de Zoids: Siglo Caótico. Los Zoids ya no se utilizan para la guerra; en su lugar, la naturaleza combativa tanto de los Zoids como de los humanos se concentra y contiene en una serie de competiciones y torneos de batalla, dirigidos por la Comisión de Batalla Zoid. La Comisión de Batalla Zoid parece ser una potencia importante en el Planeta Zi, con un considerable arsenal de Zoids armados, plataformas orbitales con sus propias instalaciones de lanzamiento y sistemas de armas orbitales. No se aclara en la serie si la República Helénica y el Imperio Guylos siguen existiendo, aunque la batalla final sobre el Ultrasaurus oxidado, que se insinúa que es la misma en Zoids: Chaotic Century, podría sugerir que ninguno de los dos quedó y que la gente tuvo vía libre para luchar en los antiguos campos de batalla. La serie se centra en el Equipo Blitz, en particular en las acciones de Liger Zero y Bit Cloud. La serie traza el ascenso del Equipo Blitz a través de varias competiciones de la Comisión de Batalla Zoid, y los esfuerzos del equipo por evitar el conflicto con la organización criminal conocida como el Grupo Backdraft.