Watanuki Kimihiro, es un joven estudiante que tiene el don de ver y atraer fantasmas y espíritus (ayakashi). Un día, al ser atacado por un ayakashi, acaba entrando en una tienda. La dueña del local es Ichihara Yuuko, una mujer que dice que su entrada allí no fue casualidad. Es una tienda donde se cumplen los deseos, y él tenía uno. Pero para que se conceda, es necesario pagar un precio equivalente. Watanuki desea entonces dejar de ver a los espíritus y, para pagar el precio, "acepta" (y obliga) la oferta de Yuuko de trabajar en su tienda. A partir de ese momento, su vida cambia por completo. Watanuki se ve envuelto en las misteriosas historias de los clientes de Yuuko, y con ella aprende no sólo sobre las situaciones mágicas que le rodean, sino también sobre sí mismo.