Han pasado dos años desde la incursión del CCG en Anteiku. Aunque el ambiente en Tokio ha cambiado drásticamente debido a la mayor influencia del CCG, los ghouls siguen siendo un problema, ya que han empezado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Árbol Aogiri, que reconoce la creciente amenaza del CCG para su existencia. La creación de un equipo especial, conocido como el Escuadrón Quinx, puede proporcionar al CCG el empujón que necesita para exterminar a los residentes no deseados de Tokio. Como humanos que se han sometido a una cirugía para poder utilizar las habilidades especiales de los ghouls, participan en operaciones para erradicar a las peligrosas criaturas