Shuffle! es un anime de comedia romántica y fantasia que sigue a Rin Tsuchimi, un estudiante de secundaria que vive solo debido a la ausencia de sus padres. Un día, dos chicas misteriosas aparecen en su vida y se mudan a su casa, cambiando su vida para siempre. Las chicas, Sia y Nerine, son princesas de dos reinos diferentes, y Rin se ve atrapado en un triángulo amoroso mientras lucha por proteger a ambas de una guerra entre sus reinos. La serie presenta una trama llena de comedia y romance, con un gran énfasis en la relación de Rin con las dos princesas y las aventuras fantásticas que experimenta a medida que lucha por protegerlos a ambos.