Tras la repentina muerte de su madre, el estudiante de primaria Chihiro Komiya se queda sin hogar y sin familia. Pero esto cambia cuando se encuentra con un rico y frívolo desconocido que resulta ser su tío perdido, Madoka Takatori. Madoka se ofrece a acoger a Chihiro, pero al llegar a la mansión de clase alta de su tío, el joven es recibido por una plétora de polvo y basura. Como el instinto de limpieza de Chihiro entra en acción, se pone a limpiar toda la residencia. Shounen Maid es una comedia desenfadada que sigue a Chihiro mientras se encuentra vestido con un uniforme con volantes (hecho a mano por su tío), recibiendo un salario y trabajando como criado de la casa.