La trama sigue a Shiki Tohno, quien sufrió una lesión mortal cuando era niño y fue expulsado de la casa de Tohno. Más tarde, tras la muerte del jefe de la familia, su hermana Akiha lo llama de vuelta a la casa. Sin embargo, Shiki guarda un gran secreto: desde la lesión, ve líneas en los objetos, y solo con lentes especiales puede dejar de verlas. <br> Con su mudanza, Shiki comienza a recordar su infancia y descubre que su vida era diferente de lo que pensaba. Además, conoce a Arcueid, una joven con quien tiene un encuentro peculiar que cambiará su vida para siempre.