Scarlet Nexus es un anime que se ambienta en un futuro cercano, concretamente en el año 2020 del calendario solar, pero en una realidad alternativa donde la humanidad desarrolla una tecnología formando una sociedad a partir de las sustancias que se encuentra en el cerebro humano. Estas sustancias otorgan a los humanos superpoderes extrasensoriales. Por esta razón surge la Fuerza de Supresión de Otros (FSO), una organización que recluta a miembros con habilidades sobrenaturales para proteger a la humanidad de los Otros, mutantes que descienden del Cinturón de Extinción.