Un año y medio después de los sucesos del thriller psicológico de ciencia ficción original, Akane Tsunemori continúa su trabajo como inspectora, haciendo cumplir las sentencias del Sistema Sibyl. A ella se unen nuevos inspectores y la inspectora junior Mika Shimotsuki, una joven ciega e inflexiblemente leal a Sibyl. Mientras Akane se plantea tanto la naturaleza de su trabajo como la legitimidad de los veredictos de Sibyl, surge una nueva e inquietante amenaza. Un misterioso personaje ha descubierto una forma de controlar el Coeficiente del Crimen, un número compilado a partir de escáneres mentales que permite a Sibyl calibrar la salud psicológica e identificar a posibles criminales. A través de estos medios, es capaz de asesinar a un ejecutor, dejando tras de sí una pista críptica: ¿WC? garabateado con sangre en una pared.