Persona: Trinity Soul es un anime basado en la popular serie de videojuegos Persona. La historia sigue a los hermanos Aya y Ryo Kanzato, quienes regresan a su ciudad natal para vivir con su hermano mayor Shin. Pronto descubren que en su ciudad hay un extraño fenómeno conocido como "La Sombra", que está causando problemas para los habitantes de la ciudad. A medida que investigan más sobre este fenómeno, se dan cuenta de que están relacionados con él de alguna manera y deben trabajar juntos para resolver el misterio y detener a "La Sombra". A medida que se sumergen en este misterio, también deben enfrentar problemas personales y luchar por resolver sus propios conflictos internos.