Kanokon cuenta la historia de Kouta Oyamada, un joven estudiante de secundaria que se muda a la ciudad para asistir a una nueva escuela. Allí conoce a dos chicas, Chizuru Minamoto y Nozomu Ezomori, quienes resultan ser diosas y no humanas. A medida que Kouta se adentra en el mundo de las diosas, se enfrenta a situaciones divertidas y peligrosas mientras lucha por mantener su relación con ambas. A medida que se desarrolla la trama, Kouta descubre que su vida está en peligro debido a la enemistad entre las diosas y los espíritus malignos. Con la ayuda de Chizuru y Nozomu, Kouta debe luchar para sobrevivir y proteger su relación con ambas chicas.