La trama tiene lugar en el año 1937, en vísperas de la Segunda Guerra Mundial, y gira en torno a una misteriosa organización de espionaje conocida como la "Agencia D", establecida por el Teniente Coronel Yuuki del Ejército Imperial Japonés. Con ideales firmes, recluta graduados de la academia militar y los entrena para convertirlos en agentes expertos en las artes de la manipulación. Estos agentes forman un equipo especializado para llevar a cabo operaciones encubiertas. Uno de estos agentes, Jirou Gamou, un anti-héroe, se embarca en una angustiosa misión para descubrir documentos secretos titulados "Notas negras", mientras lucha contra las fuerzas tanto dentro como fuera de sus propias filas.