La historia gira en torno a Oriki Hotaro, un chico de instituto que siempre actúa de forma pasiva. Un día, se apunta al "Koten Bu" (Club de Literatura Clásica), recomendado por su hermana mayor. Allí conoce a Eru Chitanda, Satoshi Fukube y Mayaka Ibara. Chitanda es una chica guapa y tranquila, pero que se convierte en la encarnación de la curiosidad en cuanto dice "Watashi, Kininarimasu". (A mí me interesa). Fukube es un chico sonriente que destaca por su memoria, pero nunca construye su propia deducción. Ibara es una chica estricta con los demás y consigo misma. Ella quiere a Fukube, pero él siempre la rehúye cuando se acerca. Comienzan a investigar un caso ocurrido hace 33 años. Hay indicios de este misterio en una antigua obra recopilada por antiguos miembros de Koten Bu. La colección se titula Hyouka.