Esta historia de ciencia ficción, comedia y peleas de instituto gira en torno a Hundred, la única arma que puede derrotar a la misteriosa forma de vida Savage que planea atacar la Tierra. Para convertirse en un maestro de artes militar y empuñar la Hundred, el personaje protagonista, llamado Hayayo Kisaragi, se alista en Little Garden, una ciudad-academia de la Marina. Hayato siente un extraño pero al mismo tiempo familiar sentimiento ilógico hacia Emil Crossford, su compañera de habitación que, de alguna manera, ya le conocía de otro sitio. Para rematar, nada más entrar en la academia es retado por la "Reina" Claire Harvey.