En un futuro misterioso, los organismos cristalinos llamados Gemas habitan un mundo que ha sido destruido por seis meteoros. A cada Gema se le asigna un rol para luchar contra los Lunarianos, una especie que los ataca para destruir sus cuerpos y usarlos para sus fines. Phosphophyllite, también conocida como Phos, es una Gema joven y frágil que sueña con ayudar a sus amigos en la guerra. En cambio, se le dice que compile una enciclopedia debido a su delicada condición. Después de embarcarse a regañadientes en esta tarea, Phos se encuentra con Cinnabar, una Gema inteligente que ha sido relegada a patrullar la isla aislada por la noche debido al veneno corrosivo que crea su cuerpo. Después de ver cuán infeliz es Cinnabar, Phos decide encontrar un papel que ambas Gemas rechazadas puedan disfrutar. Houseki no Kuni sigue los esfuerzos de Phos para ser útil y proteger a sus compañeros.