Grisaia no Rakuen comienza justo al final de la anterior entrega, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji es detenido bajo sospecha de terrorismo. Un vídeo muestra una prueba aparentemente concreta de que Yuuji ha cometido esos actos, y es detenido por Ichigaya. Ichigaya sabe perfectamente que Yuuji no cometió los crímenes de los que se le acusa. Pero sí que no asesinó a Heath Oslo, que es el líder de la organización terrorista con un arma extremadamente devastadora en su poder. De hecho, Ichigaya tiene sus propios planes para Yuuji... Pero puede que no todo esté perdido para Yuuji. Las chicas de la Academia Mihama no están dispuestas a dejar que Yuuji sea utilizado para obtener beneficios políticos, y tampoco la nueva y misteriosa figura que aparece ante ellas.