En un Japón futurista dominado por la influencia de Internet, la Mayor Motoko Kusanagi, una cíborg altamente sofisticada, se encuentra atormentada por profundas dudas sobre su existencia. Contra su voluntad, su cerebro fue implantado en el cuerpo de una robusta ciberpolicía, dotada de habilidades prácticamente ilimitadas para combatir el crimen cibernético. Cuando su unidad de operaciones descubre el rastro del enigmático "Titiritero", un legendario hacker cuya identidad permanece en las sombras, Motoko toma la audaz decisión de adentrarse en su propia consciencia para analizar su "ghost" (el componente indefinible de la mente, similar al alma), con la esperanza de hallar respuestas a sus propias inquietudes existenciales.