Otro bonito verano pasa para Illyasviel von Einzbern. Se toma un descanso de sus deberes de chica mágica y disfruta de su tiempo libre tras recoger las Cartas de Clase con su mejor amiga Miyu Edelfelt. Sin embargo, su descanso llega a un abrupto final cuando ella y Miyu son secuestradas por Rin Toosaka y Luviagelita Edelfelt, mientras salen con sus amigas. Las chicas mágicas se enteran de que su trabajo está lejos de terminar, ya que la Torre del Reloj les informa de que el maná fuera de control que se creía sellado sigue dispersándose por la ciudad de Fuyuki. Tras dirigirse al punto de origen del maná fuera de control, Illya y Miyu reciben la tarea de resolver la anomalía. Pero tras lanzar su hechizo, Illyasviel descubre que se ha dividido en dos personas. Mientras esta misteriosa nueva forma se aleja, ella sólo puede preguntarse: ¿qué va a pasar con la existencia de su dopplegänger, que anda suelta por la ciudad desprevenida?