Es el año 2015, la última era en la que la magia todavía dominaba. Caldea es una organización establecida para observar el mundo mágico y el mundo de la ciencia, así como para evitar la extinción final de la humanidad. La humanidad tiene garantizado al menos otros 100 años, es decir, hasta que el futuro reino observado por Caldea se desvanezca en el aire. Caldea ahora está segura de que la humanidad no vivirá más allá de 2017, todo pensando en los eventos que tuvieron lugar en la ciudad japonesa de Fuyuki en 2004. La organización emite una Gran Orden para una "Expedición del Santo Grial" para investigar, descubrir y tal vez destruir la singularidad responsable de acabar con la humanidad