Eyeshield 21 cuenta la historia de un chico llamado Sena Kobayakawa, un joven que no destaca mucho, y que muchas veces es maltratado por sus compañeros, lo que le ha dado una gran habilidad en sus piernas, ya que para escapar del abuso puede correr a gran velocidad. Después de presentar su examen de admisión, Sena entra a la preparatoria Deimon, junto con su amiga de la infancia y protectora Mamori Anezaki. Es en la preparatoria Deimon donde comienza su aventura en el club de fútbol-americano, los Deimon Devil Bats, donde entra como secretario, obligado por Hiruma Yoichi, el quarterback del equipo. Este, al ver su velocidad, lo fuerza a jugar como runningback, pero para evitar que los demás equipos se interesen en sus poderosas piernas, lo hace jugar de incógnito con un casco con visera. Así se convierte en Eyeshield 21, el "hombre con las piernas de velocidad de la luz", que luchara para conseguir el sueño de su equipo: llegar al Chrismas Bowl, el torneo más importante a nivel de institutos en Japón.