Catorce años después del Tercer Impacto, Shinji Ikari despierta en un mundo que no recuerda. No ha envejecido. Gran parte de la Tierra está en ruinas, NERV ha sido desmantelada y la gente a la que antes protegía se ha vuelto contra él. Haciendo amistad con el enigmático Kaworu Nagisa, Shinji continúa la lucha contra los ángeles y se da cuenta de que la lucha está lejos de terminar, incluso cuando podría ser contra sus antiguos aliados. Las luchas de los personajes continúan en medio de las batallas contra los ángeles y entre ellos mismos, en una espiral hacia lo que podría ser inevitablemente el fin del mundo.