Makoto Mizuhara está trabajando en su último experimento en el laboratorio de ciencias de la escuela, pero cuando se toma un descanso, aparece su rival de toda la vida, Katsuhiko Jinnai, e intenta destruir el dispositivo y desacreditar a Makoto. Esto sobrecarga el experimento y transporta a Makoto, Jinnai, su hermana Nanami y su maestro, el Sr. Fujisawa, al extraño y magnífico mundo El Hazard. Makoto y Fujisawa aterrizan directamente en el Reino de Roshtaria, y rápidamente se hacen amigos de la princesa Runa Venus. Jinnai se alía con el Bugrom, una raza de insectos gigantes empeñados en hacerse cargo de El Hazard, mientras su hermana trata de ganarse la vida en el desierto. Makoto busca desesperadamente una forma de regresar a casa, mientras lucha contra el Bugrom, solicita la ayuda de las Sacerdotisas Santas y evita que el dios demonio Ifurita destruya todo.