La Fundación del Futuro está destrozada tras el Juego de la Matanza Final y la revelación del verdadero culpable. Cuando uno de los supervivientes urde un plan desesperado para librar al mundo de la desesperación de una vez por todas, los miembros restantes de la Fundación del Futuro deben unirse para impedir que se cometa esta atrocidad. Afortunadamente, se encuentran con la ayuda de un grupo de improbables aliados en su carrera contra el reloj para evitar que su mundo cambie. En este final de la historia de Hope's Peak de la serie Danganronpa, los jugadores de este juego de muerte interminable comienzan a comprender el verdadero significado de la desesperación, la esperanza y la expiación.