Sakura Kinomoto comienza el instituto junto a sus amigos, incluido su novio Syaoran, que acaba de regresar a Tomoeda. Después de tener un sueño profético sobre una misteriosa figura encapotada, todas las cartas de Sakura se quedan en blanco y sin poder alguno, con lo que comienza su búsqueda para averiguar qué ocurre. Al hacerlo, Sakura y sus amigos, junto con sus guardianes y protectores Cerberus y Yue, descubren y capturan las cartas transparentes, utilizando la nueva y mucho más fuerte llave mística del sueño. Eriol, Spinel Sun y Ruby Moon aparecen como personajes secundarios, al igual que Kaho Mizuki, que ha regresado a Inglaterra, pero sigue ayudando a Sakura y a sus protectores desde la distancia. Sakura acaba haciéndose amiga de una estudiante trasladada llamada Akiho Shinomoto y conoce a su mayordomo y guardián Yuna D. Kaito, de quien Syaoran detecta grandes cantidades de poder mágico.