El Bakumatsu fue una época en la que las almas de los jóvenes ardían de ansiedad por el futuro de su país. Takasugi Shinsaku, un soldado de fortuna de Choshu, se cuela a bordo de un barco del gobierno con su camarada Katsura Kogorou en busca de un misterioso "reloj" con el poder de manipular el tiempo que, según teme, el gobierno desea conservar para sí mismo. En lugar de permitir que tal poder caiga en manos equivocadas, Takasugi planea destruir el artefacto, pero una vez obtenido, éste es rápidamente robado, obligando a la pareja a seguir al misterioso ladrón hasta la sede del gobierno en Kioto. Sin embargo, cuando llegan a la capital, descubren que el gobierno ha sido derrocado y que la deidad Susanoo reina ahora en su lugar. Las calles de la ciudad y la gente que las habita son muy diferentes a lo que Takasugi y Katsura recordaban. Puede que los tiempos hayan cambiado, pero su misión no. Takasugi y Katsura están decididos a reiniciar el tiempo y salvar a su nación de las fuerzas nefastas que intentan secuestrarla.