Babylon es un anime de ciencia ficción que sigue las aventuras de un abogado llamado Zen Seizaki. Él trabaja en la división de investigación y desarrollo del departamento de justicia de Tokio y está investigando una compañía de biotecnología llamada Babylon. A medida que avanza en su investigación, Zen descubre una conspiración mucho más grande que involucra a la compañía y a la élite política y económica del país. Con la ayuda de su compañera de investigación, Atsuko, Zen se adentra en un mundo peligroso de secretos y conspiraciones mientras trata de descubrir la verdad detrás de Babylon y proteger a la sociedad de sus peligrosos experimentos y ambiciones.