En el siglo XXIV, en el planeta Aqua, tres chicas -Akari Mizunashi, Alice Carroll y Aika S. Granzchesta- siguen trabajando duro para conseguir su objetivo de convertirse en Prima Undines: gondoleras profesionales. Por suerte, las chicas cuentan con la guía de las tres mejores Prima Undines de Neo-Venezia -Alicia Florence, Athena Glory y Akira E. Ferrari-, conocidas como las "Hadas del Agua" en honor a su habilidad. Con su ayuda, las jóvenes aprendices se entrenan duramente y trabajan para superar cualquier situación en la que se encuentren. Aria The Origination sigue las dificultades y la vida cotidiana de estas tres jóvenes, que hacen todo lo posible por mejorar como gondoleras turísticas en Neo-Venezia, una réplica terraformada de Venecia.