En el año 2059, la Tierra lleva varios años plagada de alienígenas. En un esfuerzo por aprender más sobre estos alienígenas, el Dr. Noguchi y sus ayudantes Maki Agata y Takuto Kaneshiro intentan revivir el experimento del profesor, un gran alienígena biomecánico llamado Frank. Durante este proceso, el alienígena cobra "vida" y el laboratorio es destruido, dejando a Takuto como único superviviente y al alienígena desapareciendo en la naturaleza. Mientras Frank vaga por la naturaleza, conoce a Hattie, una joven emocionalmente angustiada cuyos padres murieron en el primer "encuentro cercano" de la guerra. Curiosamente, ella es capaz de comunicarse con Frank y poco después son detenidos por una agencia secreta conocida sólo como "Funeral". Mientras tanto, Takuto se despierta en la cama de un hospital con su vida destrozada y su rostro desfigurado. Motivado por la venganza y el desamor, Takuto acepta una oferta del misterioso 'Sr. X' y recibe una nueva identidad como oficial de rango de Funeral llamado Ryu Soma.