En su búsqueda por encontrar a Shura, quien ha desaparecido sin dejar rastro, los hermanos Rin y Yukio se dirigen al lago Eikyuja, ubicado en Aomori. Este es el lugar donde Shura nació y donde Shiro la acogió tiempo atrás. Mientras siguen las pistas, Rin y Yukio descubren el oscuro destino que parece esperar a Shura. Al mismo tiempo, Lightning, uno de los Cuatro Grandes Caballeros del Arca, llega a la sede japonesa de los Caballeros de la Cruz Verdadera y comienza una investigación sobre los Illuminati. Lightning concluye que todo se originó en la "Noche Azul" y, poco a poco, se sumerge en los secretos oscuros que envuelven a los Caballeros.