Another sigue la historia de Koichi Sakakibara, un chico que se traslada al instituto Yomiyama North. Allí conoce a Mei Misaki, una estudiante aparentemente tranquila y tímida a la que muchos de sus compañeros de clase e incluso la maestra ignora. Un día, la clase comienza a estar envuelta en una serie de sucesos extraños en el que los estudiantes y muchos profesores comienzan a morir de maneras grotescas y muy horribles. Koichi comenzará a indagar en la historia de la escuela y se da cuenta de que todo lo que está sucediendo está relacionado con una estudiante muy popular llamada Misaki que murió repentinamente en 1972.