Uryu Kamihate es un estudiante de preparatoria con grandes aspiraciones de ingresar a la facultad de medicina en la Universidad de Kioto. Vive bajo el techo del sacerdote principal del santuario Amagami, quien le ofrece un lugar donde quedarse, pero con una condición: si Uryu desea continuar viviendo allí y algún día heredar el santuario, deberá casarse con una de las tres hermanas sacerdotisas, Yae, Yuna o Asahi. Así, Uryu se ve envuelto en una historia llena de romance, camaradería y momentos divertidos, mientras trata de ganarse el corazón de una de ellas.