La historia trata de un joven llamado Takeru Takemoto, que tiene un modo diferente de ver al mundo, ya que mientras otros jóvenes solo viven día a día, él se cuestiona constantemente como el mundo y la vida cambian de forma inevitable. Una noche, mientras hacía una entrega en su motocicleta para el local de su tío, acompañado por su mejor amigo Ryo, una extraña luz pasó por su lado dirigiéndose hacia el bosque. Siguiendo el destello encontraron a una extraña chica, que estaba dentro de una especie de capullo transparente. Takeru reacciona como si conociese a dicha chica y decide sacarla de allí. De pronto, una especie de monstruo aparece tratando de herirla, Takeru en vista de no poder hacer nada pierde esperanza, pero súbitamente sufre una extraña transformación y su cuerpo adquiere el poder y la fuerza necesaria para derrotar a la criatura. Tras esto decide llevar a la muchacha a vivir con él y sus tíos, la cual responde al nombre de Hikari, poco a poco ella comienza a aprender del mundo, la gente y especialmente de como las cosas nacen viven, mueren y esencialmente cambian o dan su lugar a otras nuevas, ya que a pesar de su apariencia Hikari es algo más allá de lo humano. Sin embargo parece ser una mala época para el mundo, el monstruos que los atacó esa noche es solo uno de tantos que aparecen por el mundo y Jennifer Portman, una científica especializada en catástrofes de nivel planetario, investiga esto ya que cada vez que sucedido la aparición de este tipo de criaturas ha sido el comienzo de algún tipo de evento de extinción a nivel mundial que ha acabado con todas las formas de vida que existían hasta ese momento.

En el club de koto de la preparatoria Tokise, el estudiante Takezō Kurata Kurata es el único miembro del club, una vez que el resto de sus compañeros se han graduado. Mientras intenta reclutar a nuevos miembros difundiendo la existencia del club, Kudō Chika anuncia que se unirá. Kudō es conocido como un delincuente juvenil que cambio su actitud gracias a su abuelo y desarrolló una pasión por el koto. Otro de los miembros nuevo es Satowa Hōzuki, considerada una chica prodigio del instrumento [cordófono]. Conforme pasa el tiempo más miembros se unen con sus propias y únicas razones, conociendose unos a otros, haciendo nuevas amistades y romances, pero todos bajo el mismo objetivo de tocar en la competición nacional de koto.

Kono Oto Tomare!: Segunda Temporada sigue la historia de Takezou Kurata, un joven que se une al club de koto (instrumento tradicional japonés) en su último año de secundaria. Con la ayuda de sus compañeros de club, incluido su rival, Chika Kudou, juntos buscan preservar la tradición del koto y competir en el Festival Nacional de Música. La segunda temporada continúa con el club de koto tratando de mejorar y superarse a sí mismos mientras enfrentan desafíos y aprenden más sobre la música y sobre sí mismos.

En el club de koto de la preparatoria Tokise, el estudiante Takezō Kurata Kurata es el único miembro del club, una vez que el resto de sus compañeros se han graduado. Mientras intenta reclutar a nuevos miembros difundiendo la existencia del club, Kudō Chika anuncia que se unirá. Kudō es conocido como un delincuente juvenil que cambio su actitud gracias a su abuelo y desarrolló una pasión por el koto. Otro de los miembros nuevo es Satowa Hōzuki, considerada una chica prodigio del instrumento [cordófono]. Conforme pasa el tiempo más miembros se unen con sus propias y únicas razones, conociendose unos a otros, haciendo nuevas amistades y romances, pero todos bajo el mismo objetivo de tocar en la competición nacional de koto.